Mutant X handler om en gruppe menneskelige mutanter, der hver især besidder utrolige evner som følge af et genetisk eksperiment. Ligesom hundreder af andre uvidende forsøgspersoner var denne gruppe nye mutanter et led i et større superhemmeligt projekt, som blev iværksat af den amerikanske regering. Da det – alt for sent – gik op for regeringen, at forsøgene havde slået fejl, gør de nu det ene ihærdige forsøg efter det andet for at uskadeliggøre mutanterne. Mutant X – som gruppen kalder sig – har til mission at finde, hjælpe og rådgive dem, så de kan lære at bruge deres utrolige evner, men også beskytte dem fra deres skabere, som nu vil dem til livs.
Mutant X består af Adam, der nok er verdens mest intelligente mand. Han er også Mutant X's leder, og han tager sit arbejde meget alvorligt. Shalimar Fox er en temperamentsfuld mutant, der besidder en utrolig styrke, hurtighed samt en lang række andre evner fra dyreriget. Den sårbare, men alligevel hårdføre Brennan Mulwray besidder så meget elektricitet i sin krop, at han ville kunne oplyse en mindre by. Den unge Jesse Kilmartin kan med tankens kraft forandre sin krop fra det ene øjeblik at være som beton til det næste at være blød som silke. Den smukke Emma deLauro er en telempath - en mutant, der kan videregive følelser ved hjælp af tankens kraft, men som også kan fornemme andres følelser. Endelig er der Mason Eckhart – Mutant X's ærkefjende nummer et. Eckhart er chef for et firma, hvis højeste prioritet er at få alle mutanter under hans kontrol. Han bebrejder også Adam for, at mutanteksperimentet i sin tid slog fejl, hvilket har bevirket, at Eckhart resten af sit liv må have sit ansigt beskyttet af et tyndt lag gummi.