Hvis det er gået én forbi, at der blev lavet en Deep Blue Sea 2, så behøver man ikke være bekymret. Denne 3'er kan ses uafhængigt af de to foregående film.
På øen Little Happy overvåger Dr. Emma Collins (Tania Raymonde fra Lost) og hendes team et blomstrende havområde, hvor store hvidhajer kommer til for at formere sig. Deres idylliske eksistens bliver forstyrret, da Emmas ekskæreste ankommer på jagt efter tre blodtørstige tyrehajer, hvis mor Bella blev genetisk modificeret til at være ekstremt intelligent og farlig.