Den hjemløse 17-årige Yui og den forældreløse 8-årige Hiyori har ingen steder at tage hen. da de en dag møder en mystisk gammel dame, Kiwa. Hun tilbyder dem husly i sit gamle, forsømte hus med udsigt over havet. I huset, der ifølge legenderne passer på fortabte rejsende, finder Yui og Hiyori ro, og deres knuste hjerter heles langsomt. The House of the Lost on the Cape bygger videre på gamle japanske eventyr og skaber en hjertevarm, men også sørgmodig lille historie.