Skeletresterne af 11 kvinder og piger bliver fundet i New Mexicos ørken, og det bliver starten på en omfattende efterforskning. Boneyard er inspireret af en sand historie om en seriemorder, der muligvis stadig er i live i dag. Kriminalbetjenten Ortega (Brian Van Holt), politichefen Carter (Curtis "50 Cent" Jackson) og agenten Petrovick (Mel Gibson) må forsøge at arbejde sammen på tværs af deres forskellige organisationer for at identificere og pågribe morderen. Et sammenfiltret net af intriger skal optrævles, og deres mistanker stritter i alle mulige forskellige retninger!