Instruktøren Ari befinder sig på en israelsk bar, da en gammel ven i løbet af natten fortæller ham om et tilbagevendende mareridt. I mareridtet bliver han jagtet af 26 bidske hunde, og det er nøjagtig det samme antal hver evig eneste nat. De to mænd konkluderer, at der må være en forbindelse mellem mareridtet og deres militær-mission i den israelske hær under den første Libanonkrig. Ari opdager til sin store overraskelse, at han intet kan huske fra den periode af sit liv. Det bliver en gåde, han har tænkt sig at løse ved at tage kontakt til sine gamle venner og soldaterkammerater rundt om i verden og snakke med dem om den tid. Han er fast besluttet på at finde sandheden både om sin militærtid, men også om sig selv. Efterhånden som Ari graver sig dybere og dybere ned i mysteriet, begynder hans hukommelse at vende tilbage med ubehagelige og surrealistiske billeder.
Waltz with Bashir er en animeret fiktiv selvbiografisk dokumentar, som af nogle er blevet kaldt den unge generations Apocalypse Now.
Original fremstilling af en israelsk mands erindringer om en massakre i Libanon under borgerkrigen i 80´erne. Fortalt udelukkende som tegneserie opstår der et meditativt rum som ikke ville være opstået hvis filmen havde været lavet som almindelig dokumentar eksempelvis. Meget fængslende og stærk oplevelse.