La llorona er historien om "den jamrende kvinde" - en klassisk mexikansk spøgelseshistorie. En velhavende familie fejrer deres unge søns fødselsdag, men de bliver overvåget af en mystisk hætteklædt skikkelse. Imens går filmen tilbage i tiden og viser os to andre historier: En ugift kvinde bliver i 1500-tallet forladt af sit barns far, og en tragedie udspiller sig. I 1400-tallet får en anden kvinde sit barn fjernet af myndighederne med ligeledes forfærdelige konsekvenser. Disse tre historier er alle bundet sammen.