Et ginatisk monster træder pludselig ud af Tokyo Bay og skaber skræk og rædsel, da det begynder at vade igennem byen og destruere alt, hvad det kommer i nærheden af. Shin Godzilla en moderne fortolkning af den klassiske Godzilla historie. Som i mange asiatiske film er der en vis mængde humor, men kun i starten. Stille og roligt bliver historien mere og mere voldsom. Bureaukraterne diskuterer, hvordan katastrofen skal takles, militæret er inkompetent, og indbyggerne i den stolte japanske nation må bare se til, mens deres livsværk forvandles til murbrokker under monsterets ubønhørlige fremmarch.