Der er naturligvis også militære forbrydelser i Australien, så spørgsmålet er ikke, hvorfor der kommer en NCIS Sydney, men mere hvorfor det tog så lang tid! Olivia Swann (Legends of Tomorrow) spiller Special Agent-in-Charge Michelle Mackey, der står i spidsen for et team af efterforskere fra The Naval Criminal Investigative Service, der må arbejde sammen med AFP (Australian Federal Police) for at efterforske sager, der involverer forbrydelser begået af militært personale.