Den unge opfinder Jean deltager i en flykonkurrence under verdensudstillingen i Paris i 1899. Der møder han Nadia, som er cirkusartist. Jean redder hende fra Grandis, en bandit som skånselsløst forfølger Nadia for at stjæle Bluewater, en gådefuld ædelsten, som hun bærer om sin hals. Efter flugten befinder Jean og Nadia sig om bord på Nautilus, en mystisk ubåd under kaptajn Nemos befaling. Han tager dem med på et eventyr, de aldrig havde drømt om.
En meget smukt animeret historie fra nogle af de absolut bedste animationsstudier i Japan. Frit efter Jules Vernes En verdensomsejling under havet.