Tales of the Teenage Mutant Ninja Turtles er en moderne animeret serie, der udspiller sig to måneder efter filmen Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem. Serien følger turtlerne, mens de lever deres dobbeltliv som både teenagere og helte i New York City. I første sæson må de blandt andet kæmpe mod en skurk, der har planer om at eliminere alle mutanter, og de støder ind i en gruppe vandmutanter, der er kendt som "East River Three.