Det feudale Japan i Edoperioden var en tid med usikker fred, købt med blod. Ninja Scroll-serien skildrer Jubei Kibagamis liv, når han rejser fra landsby til landsby og tilbyder sine tjenester som leje-ninja. På denne tid findes der ninjaklaner overalt. En klan, Hirukoklanen, som er dømt til at leve og dø i mørke, beskytter den hellige Dragesten. Kimonklanen er på den anden side fast besluttet på at genoplive Toyotomis kraft og få fat i Dragestenen og den kraft, den gemmer. Jubei Kibagami er den mest egnede mand til jobbet med at beskytte Dragestenen og den eneste, som kan bruge den: Lysjomfruen.