I denne efterfølger til Batman Ninja er Batman-familien vendt tilbage til nutiden blot for at opdage, at Japan er forsvundet! En gigantisk ø - Hinomoto - svæver nu i luften over Gotham City. Byen bliver styret af The Yakuza, en gruppe skurke med superkræfter, som regerer uden ære eller menneskelighed, der på mistænkelig vis hver især ligner velkendte medlemmer af The Justice League. Nu er det op til Batman og hans allierede at finde hoved og hale i dette alternative univers og redde Gotham.