Ninja-padderne Leonardo, Raphael, Michelangelo og Donatello har levet en beskyttet tilværelse i New Yorks kloakker uden kontakt til menneskene over dem. Men nu tager turtle-brødrene ud for at vinde newyorkernes hjerter og blive accepteret som normale teenagere gennem heroiske handlinger. Deres nye ven April O’Neil hjælper dem i kampen mod et mystisk forbrydersyndikat. Men det bliver sværere end som så, for en mutanthær er i lige i hælene på dem.